Après des études et un doctorat en Ecologie marine (1977), Yves Henocque a démarré sa carrière dans l’aquaculture et le repeuplement marin en lien avec la pêche.
Rentré à l’IFREMER en 1987, il a étendu son expérience à l’environnement côtier puis à la gouvernance et la gestion intégrée des zones côtières. Il a travaillé dans le cadre de nombreux projets méditerranéens avec le Plan d’Action pour la Méditerranée et les centres d’activité régionaux comme le Plan Bleu et le centre d’Action Prioritaire pour la gestion intégrée de la mer et du littoral, et étendu son expérience à la gestion de projets de gestion intégrée dans l’Océan Indien (Commission de l’Océan Indien) et dans l’Asie-Pacifique, dont le Japon, la Thaïlande, et les Etats et territoires insulaires du Pacifique sud.
Principal conseiller pour les politiques maritimes et la gouvernance à l’IFREMER, il préside le comité Mer et Littoral de la Fondation de France et est membre du bureau du Plan Bleu.