En 2015, Claire Hugues s’est trouvée sur la liste de Bruno Retailleau (Les Républicains) aux élections régionales. Elle s’est alors investie en tant que conseillère régionale dans le domaine maritime.
Mais ce n’est qu’après la démission de Laurence Garnier, alors devenue sénatrice, que Claire Hugues a été élue 11e vice-présidente à la Région des Pays de la Loire. Elle est aujourd’hui conseillère déléguée aux affaires maritimes, membre de la commission Agricultures, agroalimentaire, alimentation, forêt, pêche et mer.
Elle a été élue Maire de la ville de Pornic en juillet 2024, et va se libérer de ses délégations pour se consacrer à sa nouvelle fonction.