Sophie Panonacle est membre de la Commission du Développement Durable et de l’Aménagement du Territoire. Cette commission suit les thèmes de l’aménagement du territoire, du logement, des transports, de l’équipement, des infrastructures, des travaux publics, de l’environnement et de la biodiversité. À ce titre, elle intervient notamment auprès du ministère de la Transition écologique et de la Cohésion des Territoires.
Sur le plan national, elle préside le bureau du Conseil National de la Mer et des Littoraux (CNML), présidé, par délégation de la Première ministre, par Hervé Berville, Secrétaire d’État chargé de la Mer et de la Biodiversité.
Elle est également Présidente du Comité National du Trait de Côte (CNTC), installé le 14 mars 2023 par Bérangère Couillard, Secrétaire d’État à l’Écologie, et est membre du conseil d’administration de l’Association Nationale des Élus du Littoral (ANEL), présidée par Yannick Moreau.